南京医科大学第二附属医院共占地3.7万平方米，建筑面积8.2万平方米，开放床位近1200张。医院总人数1760人，其中卫技人员1467人，有高级职称264人，中级职称517人，博士生导师4人，硕士生导师44人，教授10人，副教授37人，享受国务院政府特殊津贴专家8人；江苏省"双创"人才1名，江苏省特聘教授1名，江苏省有突出贡献中青年专家2人，江苏省"333工程"重点人才7人，江苏省卫生厅"兴卫工程"重点人才和重点培养人才各1人，江苏省六大高峰人才11人。

     "十一五"期间，医院抢抓机遇、创新发展，于2007年成功托管南京市第三医院成立东院，通过学科规划和资源整合，医院先后将骨科、儿科、妇产科、肾脏内科、眼科等整建制搬迁至东院，本部重点发展消化科、普外科、全科医学等，初步形成本部以"大专科、大综合"、东院以"大专科、小综合"为特色的医疗格局，2009年成功创建成为"三甲"医院。医院有近40个临床科室，15个教研室，消化内科、儿科、内分泌科、妇产科、肾脏内科为江苏省级临床重点专科。消化内镜中心系全国消化内镜诊疗技术培训基地和南京医科大学内镜研究所所在地，为目前江苏省规模最大、开展项目最多、集检查与治疗为一体的内镜中心，学科带头人范志宁教授为中华医学会内镜外科分会副主委，江苏省突出贡献中青年专家、江苏省六大高峰人才，拥有国家专利四项。儿童医学中心由南京市卫生局挂牌为"南医大二附院儿童医院"，开放床位200张，下设儿内、儿外、新生儿、儿保等十余个专科，其中小儿肾脏病的研究和治疗处于国内领先地位，小儿内分泌科专业为全国委员单位，中心带头人甘卫华教授为江苏省"333"工程培养对象、江苏省六大高峰人才（A类）。肾脏内科为省级副主委单位，拥有管理先进的肾病透析中心，学术带头人杨俊伟教授为江苏省"科教兴卫工程"领军人才，多次获国家级科技进步奖。妇产科为卫生部妇科内镜诊疗技术培训基地，学科带头人应小燕教授率先在全省开展妇科微创手术及介入治疗的实践与研究，多次获医学新技术引进奖。老年医学科为省级主委单位，拥有省内一流的高干病房。神经内科、普外科、烧伤整形外科、骨科、放疗科、眼科、耳鼻咽喉科等均在省内享有较高声誉。医院积极与北科生物医学技术公司合作开展干细胞临床治疗工作，取得了显著的疗效，已经收治了100多例来自于世界各地的病人，包括先天性小儿麻痹症、帕金森综合症等，临床有效率大于70%，极大提升了医院在干细胞治疗中的影响力。

     医院有医技科室20余个，拥有一批先进的医疗设备，如核磁共振、64排螺旋CT、直线加速器、癫痫刀、激光碎石机、DSA、ECT、PACS系统等。能够满足全身各个器官的检查与诊断，尤其是肿瘤的常规放射治疗、介入治疗、立体定向适形放疗（X-刀）等。

      医院坚持"要让病人满意，先让职工满意；态度决定一切，细节决定成败"的管理理念；坚持"服务病人、满意病人、感动病人"的服务理念；坚持"2007-2015三个三年"的医院发展战略，医院正在积极建设一幢约5万平方米的医学综合楼，全面提升医、教、研各方面水平，努力将医院建成省属大型教学型综合性医院。